UZ Gent laboratoriumgids     Code of Stukje omschrijving
 
 
Hoofdmenu Labgids
  Detectie fusietranscripten bij ALL door RNAsequencing (LG-431)
   Afdeling: Moleculaire Diagnostiek: HematologieAanvraagformulier:   Aanvraagformulier bijzondere hematologie - cytomorfologie | immunofenotypering | moleculaire analyses
StaaltypeVoorkeur voor beenmerg EDTA; bloed EDTA indien voldoende aantal blasten
Volume Beenmerg (min. 1 mL), 4 mL bloed (min. 3 mL)
Uitvoering 1x per week
Antwoordtijd 10 dagen
Afnamecondities Vers afgenomen met vermelding afnametijdstip op aanvraagformulier (datum en uur)
Verzending Binnen 24h na afname
Techniek RNAsequencing met de Archer ALL FusionPlex kit
Technische info
De FusionPlex ALL kit van de firma Archer kan fusietranscripten opsporen van de meest frequente fusietranscripten die bij ALL patiŽnten aanwezig zijn. Meer specifiek kunnen fusies van de volgende genen gedetecteerd worden: ABL1, ABL2, BCL11B, BCL2, BCL6, BCR, CHD1, CRLF2, CSF1R, EBF1, EPOR, ETV6, FGFR1, IKZF1, IKZF2, IKZF3, JAK2, KLF2, KMT2A, MLLT4, MYC, NF1, NOTCH1, NTRK3, NUP214, NUP98, P2RY8, pAX5, PBX1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGRFB, PICALM, PTK2B, RUNX1, SEMA6A, SETD2, STIL, TAL1, TCF3, TYK2 en ZCCHC7.

Technische uitvoering:
Na RNA extractie wordt dit geconverteerd naar cDNA. Vervolgens worden hieraan adapters geligeerd met patiŽnt-specifieke barcodes en de nodige adapters die sequencing op de MiSeq van Illumina toelaten. Vervolgens worden de fusietranscripten geamplificeerd met gebruik van een gen-specifieke primer en een universele primer, die bindt met de adapter. Na sequentie-bepaling worden de bekomen sequenties geanalyseerd met de Archer Analysis Software. 
De library preparation, sequenering, primaire en secundaire data-analyse wordt uitgevoerd door het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG) (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/labguide/platform-moleculaire-diagnostiek-uz-gent-mdg).


Klinische info
De RNAseq analyse kan zowel gekende fusietranscripten (zoals bv. ETV6-RUNX1 of STIL-TAL) als nieuwe fusietranscripten (waarvan ťťn van de partners onderzocht wordt met dit panel) identificeren. 
Deze analyse wordt enkel uitgevoerd in het kader van ALL diagnose.
Opmerkingen
Belang pre-analytische fase - stabiliteit staal: 
De stabiliteit van een staal met vermoeden acute leukemie voor moleculaire uitwerking is beperkt daar de bepaling op RNA gebeurt. Op die manier moet de verwerking van het monster (isolatie witte bloedcellen) zeker binnen de 48h na afname uitgevoerd worden! Het staal daarom zo snel mogelijk naar het labo Moleculaire Diagnostiek (MolHem) versturen, namelijk binnen de 24h na afname! In tussentijd moet het staal in de koelkast bewaard worden (2-8įC). 

Terugbetaling:
Het opsporen van verworven chromosoom of genafwijkingen (met uitsluiting van Ig en TCR genherschkkingen) door middel van een moleculair biologische methode in de diagnostische investigatiefase van een acute lymfoblastische leukemie (ALL) kan 5x aangerekend worden. Gezien het uitgebreid sceenen (28 fusiegenen) is deze analyse volledig terugbetaald (RIZIV nr 588431-588442, 5x B3000). Ook een herval (> 1 jaar later) kan terug volledig uitgewerkt worden. 
Detailinformatie 29031 v1 Labgids RNAseq ALL.pdf
Accreditatie Ja (Accreditatie volgens BELAC-certificaat 087-MED)
Validatiedossier Ja
Verantwoordelijke Apr. biol. B. Denys
   Laatste manuele bijwerking: KRVDP op 15/03/2021

Labogids www.uzgent.be/labgids