UZ Gent laboratoriumgids     Code of Stukje omschrijving
 
 
Hoofdmenu Labgids
  LG-412 (TP53 mutatieanalyse bij CLL) (LG-412)Verwijst naar: Mutatieanalyse van genen betrokken bij CLL d.m.v. NGS
   Afdeling: Moleculaire Diagnostiek: Hematologie    Pathologie: Chonische lymfatische leukemie (CLL)Aanvraagformulier:   Aanvraagformulier bijzondere hematologie - cytomorfologie | immunofenotypering | moleculaire analyses
Volume Beenmerg min. 1 mL, bloed 4 mL (min. 1 mL)
Uitvoering Wekelijks
Antwoordtijd Max. 25 dagen
Afnamecondities Vers afgenomen; aparte EDTA tube
Verzending Binnen 3 weken na afname
Methode Next Generation Sequencing (NGS)
Technische info
Technische informatie omtrent NGS analyse:
- Mutatieanalyse gebaseerd op massive parallel sequencing of next generation sequencing (NGS); voor volledig panel (4 genen) zie informatie bij `Mutatieanalyse van genen betrokken bij CLL mbv NGS`
- Enkel varianten met een VAF (Variant Allele Frequency) van > 5% met klinische relevantie worden gerapporteerd.  
- RefSeq (NCBI): NM_0011226112.2  	

MDG-CLL1
- Exon: 4-9
- Codon: alle
- Nucleotiden: c.97-972 +/- 2 
- CoŲrdinaten (chromosomale posities) van de nucleotiden van interesse (GRCh37/hg19): chr17: 7,579,310-7,576,928

MDG-CLL1v2
- Exon: 2-11
- Codon: alle
- Nucleotiden: c.1-1182 +/- 2
- CoŲrdinaten (chromosomale posities ) van de nucleotiden van interesse (GRCh37/hg19): chr17:7,579,551-7,573,136

Uitvoering:
De library preparation, sequenering, primaire en secundaire data-analyse wordt uitgevoerd door het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG) (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/labguide/platform-moleculaire-diagnostiek-uz-gent-mdg)
Klinische info
TP53 codeert voor een transcriptiefactor die een cruciale rol speelt in response tegen stress of DNA schade. Inactivatie van TP53 kan gebeuren door zowel 17p deletie als door mutaties in het gen en beide zijn geassocieerd met een slechte prognose in CLL patiŽnten. Afwijkingen in TP53 komen voor in 10-15% van de onbehandelde CLL-patiŽnten, maar de incidentie stijgt tot 40-50% in fludarabine-refractaire CLL (Zenz et al., 2009). Meer dan 80% van de patiŽnten met 17p deletie draagt ook een TP53 mutatie in het andere allel (Nadeu et al., 2016, Dicker et al., 2009), maar mutaties in TP53 kunnen ook voorkomen in de afwezigheid van 17p deletie, waar ze geassocieerd zijn met een slechtere outcome (Zenz et al., 2009). De mutaties bevinden zich meestal in het DNA-bindingsdomein met een aanrijking in exonen 5-7. 

Belangrijke publicaties:
Dicker, F., et al., The detection of TP53 mutations in chronic lymphocytic leukemia independently predicts rapid disease progression and is highly correlated with a complex aberrant karyotype. Leukemia, 2009. 23(1): p. 117-24.
Nadeu, F., et al., Clinical impact of clonal and subclonal TP53, SF3B1, BIRC3, NOTCH1, and ATM mutations in chronic lymphocytic leukemia. Blood, 2016. 127(17): p. 2122-30.
Zenz, T., et al., Detailed analysis of p53 pathway defects in fludarabine-refractory chronic lymphocytic leukemia (CLL): dissecting the contribution of 17p deletion, TP53 mutation, p53-p21 dysfunction, and miR34a in a prospective clinical trial. Blood, 2009. 114(13): p. 2589-97. 
Opmerkingen
Terugbetaling:
Het opsporen van mutaties in TP53 gen valt onder de RIZIV verstrekking 588453-588464, waarbij genafwijkingen door middel van een moleculair biologische methode worden opgespoord in de diagnostische investigatiefase van een chronische lymfoÔde aandoening (waaronder CLL). 	

 
Opmerking ivm aanrekening 3x aanrekenen per diagnostische investigatie per jaar (RIZIV verstrekking 588453-588464, B3000)
Accreditatie Nee
Validatiedossier Ja
Verantwoordelijke Apr. biol. B. Denys
   Laatste manuele bijwerking: BADE op 05/11/2019

Labogids www.uzgent.be/labgids