UZ Gent laboratoriumgids     Code of Stukje omschrijving
 
 
Hoofdmenu Labgids
  NOTCH1 (NOTCH1) NOTCH1Verwijst naar: Mutatieanalyse van genen betrokken bij CLL d.m.v. NGS
   Afdeling: Moleculaire Diagnostiek: Hematologie    Pathologie: Chonische lymfatische leukemie (CLL)Aanvraagformulier:   Aanvraagformulier bijzondere hematologie - cytomorfologie | immunofenotypering | moleculaire analyses
Staaltype(s)BMU Beenmerg uitstrijkje , ECMD EDTA (paars) _ CMD LAB
Volume Beenmerg min. 1 mL, bloed 4 mL (min. 1 mL)
Uitvoering Wekelijks
Antwoordtijd Max. 25 dagen
Afnamecondities Vers afgenomen; aparte EDTA tube
Verzending Binnen 3 weken na afname
Methode Next Generation Sequencing (NGS)
Technische info
Technische informatie omtrent NGS analyse:
- Mutatieanalyse gebaseerd op massive parallel sequencing of next generation sequencing (NGS); voor volledig panel (4 genen) zie informatie bij `Mutatieanalyse van genen betrokken bij CLL mbv NGS`
- Enkel varianten met een VAF (Variant Allele Frequency) van > 5% met klinische relevantie worden gerapporteerd.  
- RefSeq (NCBI): NM_017617.3 	
- Exon: 34 en 3`UTR
- Codon: alle
- Nucleotiden: c.6181-7668 +-2
- CoŲrdinaten (chromosomale posities) van de nucleotiden van interesse (GRCh37/hg19): 9:139390520-139392012 (exon 14) en 9:139390134-139390166 (3`UTR)

Uitvoering:
De library preparation, sequenering, primaire en secundaire data-analyse wordt uitgevoerd door het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG) (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/labguide/platform-moleculaire-diagnostiek-uz-gent-mdg) 	


Klinische info
Notch eiwitten zijn transmembranaire receptoren die een rol spelen bij de ontwikkeling van hematopoietische cellen. Mutaties in NOTCH1 worden teruggevonden in een subset van patiŽnten met lymfoproliferatieve aandoeningen, waaronder CLL. NOTCH1 mutaties zijn aanwezig in 4-13% van CLL patiŽnten en zijn geassocieerd met een niet-gemuteerde IgH en een slechte prognose. 
De prognostische impact van NOTCH1 mutaties werd verder onderzocht in een studie van 466 CLL patiŽnten (zie referenties Oscier D et al, Blood 2013). Mutaties in NOTCH1 werden in 10% van de patiŽnten gedetecteerd en waren gecorreleerd met andere merkers van een slechte prognose (bv. niet-gemuteerd IgH, CD38 positiviteit, ZAP-70 expressie). NOTCH1 mutaties waren geassocieerd met verlaagde progressie-vrije en totale overleving maar ook een onafhankelijke merker voor slechte totale overleving (HR 1.58). 
De mutaties in NOTCH1 bevinden zich voornamelijk in het PEST domein, verantwoordelijk voor de stabiliteit van het eiwit, maar ook in de 3íUTR werden mutaties beschreven. Deze mutaties zorgen voor het gebruik van een cryptische splice site in het laatste exon, waardoor opnieuw het PEST domein verstoord wordt. Mutaties in de 3íUTR hebben dezelfde predictieve waarde als mutaties in het coderend gebied. 
Daarnaast zijn patiŽnten met NOTCH1 mutaties resistent tegen een behandeling met rituximab, aangezien deze cellen een verlaagde CD20 expressie vertonen.

Belangrijke publicaties:
-  Rossi, D., et al., Integrated mutational and cytogenetic analysis identifies new prognostic subgroups in chronic lymphocytic leukemia. Blood, 2013. 121(8): p. 1403-12.
-  Cortese, D., et al., On the way towards a `CLL prognostic index`: focus on TP53, BIRC3, SF3B1, NOTCH1 and MYD88 in a population-based cohort. Leukemia, 2013.
-  Jeromin, S., et al., SF3B1 mutations correlated to cytogenetics and mutations in NOTCH1, FBXW7, MYD88, XPO1 and TP53 in 1160 untreated CLL patients. Leukemia, 2014. 28(1): p. 108-17.
-  Nadeu, F., et al., Clinical impact of clonal and subclonal TP53, SF3B1, BIRC3, NOTCH1, and ATM mutations in chronic lymphocytic leukemia. Blood, 2016. 127(17): p. 2122-30.
-  Oscier, D.G., et al., The clinical significance of NOTCH1 and SF3B1 mutations in the UK LRF CLL4 trial. Blood, 2013. 121(3): p. 468-75.
-  Larrayoz, M., et al., Non-coding NOTCH1 mutations in chronic lymphocytic leukemia; their clinical impact in the UK CLL4 trial. Leukemia, 2017. 31(2): p. 510-514.
-  Puente, X.S., et al., Non-coding recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia. Nature, 2015. 526(7574): p. 519-24.
-  Bittolo, T., et al., Mutations in the 3` untranslated region of NOTCH1 are associated with low CD20 expression levels chronic lymphocytic leukemia. Haematologica, 2017. 102(8): p. e305-e309.
-  Stilgenbauer, S., et al., Gene mutations and treatment outcome in chronic lymphocytic leukemia: results from the CLL8 trial. Blood, 2014. 123(21): p. 3247-54.
 
Opmerkingen
Terugbetaling:
Het opsporen van mutaties in NOTCH1 gen valt onder de RIZIV verstrekking 588453-588464, waarbij genafwijkingen door middel van een moleculair biologische methode worden opgespoord in de diagnostische investigatiefase van een chronische lymfoÔde aandoening (waaronder CLL). 

 
Opmerking ivm aanrekening 3x aanrekenen per diagnostische investigatie per jaar (RIZIV verstrekking 588453-588464, B3000)
Accreditatie Nee
Validatiedossier Ja
Verantwoordelijke Apr. biol. B. Denys
  Laatste bijwerking Glims: kevin op 1/03/2018 15:38   Laatste manuele bijwerking: BADE op 05/11/2019

Labogids www.uzgent.be/labgids